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但是，这次难得的大捷，在明末这个特殊时代下，又陷入了党争的漩涡.同时也是毛文龙的东江镇和登莱文官不和的开始.
因为镇江之战时，到达城外的明军并非毛文龙部一支，还有登莱巡抚陶郎先所遣王绍勋部，从山东半岛渡海至。战后王绍勋争功不得，遂报告说“镇江大捷”是假的，毛文龙是自诩为功，这一说法历来被攻击毛文龙者所采用，如袁崇焕亲信周文郁《边事小记》即采此说，陶郎先也根据王绍勋的报告力诋毛文龙。
不过，王绍勋是叛徒和逃将出身，多数人不相信他，东林名臣侯震旸上书为毛文龙鸣不平：“嗟乎！龙小小一捷，固自称奇，何足深忌？乃偏信反复之王绍勋，不为救而故为催抑。人心不平，全在于此！”，并要求朝廷“罢郎先，逮绍勋。”
随后，东林党人大学士孙承宗、御史陈保泰等交章弹劾陶郎先欺君冒饷诸罪，陶郎先终被查办，明廷将其贪墨军饷补发给毛文龙.
登莱巡抚陶郎先是什么人呢？他恰恰是熊廷弼重用的门生，也就是说，无论毛文龙愿意不愿意，都卷入了东林党和楚党的斗争当中了，而且在这次斗争中，毛文龙成了东林党人斗争的利器之一.
毛文龙孤军深入敌后，系辽东巡抚王化贞所遣，而辽东经略熊廷弼与王化贞不和朝野皆知，互相攻击不断。镇江之战后，王化贞绕开经略衙门单独给毛文龙报捷，彻底激化矛盾。
熊廷弼则是更加不满，遂上言：“文龙发之太早，致使奴恨辽人，焚戮几尽。灰东山之心，厚南卫之毒，寒朝鲜之胆，夺西河之气，乱三方并进之本谋，误专遣联络之成算，目为奇捷，乃奇祸耳。”把镇江大捷说成是“奇祸”。
熊廷弼对毛文龙的攻击有两点：第一是责怪毛文龙抵抗后金，后136东林党人毛文龙？
金才屠杀辽东百姓的；第二是认为毛文龙“发之太早”，误了他的“三方并进之本谋”。
平心而论，熊廷弼对毛文龙的攻击不是没有道理的，作为明末难得的战略家之一，他对王化贞的冒进战略是不以为然的，事实上，毛文龙的大捷也是有着王化贞急于见功，东林党人打压楚党的因素，这点毋庸讳言.
但是熊廷弼重用的门生——登莱巡抚陶郎先实在是太不争气了，以至于东林党人都没用传统的围攻**，就把熊廷弼对毛文龙的攻击击溃了.
熊廷弼“三方并进之本谋”未必没有道理，事实上却一直停留在纸面上。所谓三方并进：即广宁、登莱、山海关三路同时进兵。后来事实证明：广宁根本靠不住，很快就因为内奸孙德功沦陷了，当然这主要是王化贞用人不当造成的，但是熊廷弼“三方并进之本谋”显然过于理想，根本就没考虑到广宁被后金内奸渗透的严重情况，是纸上谈兵、
而让熊廷弼更是无法辩解的是在登莱方面，他重用的门生——登莱巡抚陶郎先，不仅贪污军饷，没有组织起强大的军队，还中了反间计收留后金特务，登莱一路终属虚着，熊廷弼后来自己也意识到：“此二方（广宁、登莱）已属画饼。———”也就是说，由于熊廷弼没考虑到广宁、登莱根本不堪用的情况，实际上真要按照熊廷弼“三方并进之本谋”只怕毛文龙的镇江大捷都不能取得，而是一场大败了！
由于这次熊廷弼说的毫无道理，如果说东林党人内阁首辅叶向高驳斥他还有袒护自己学生王化贞，以及东林党和楚党斗争因素的话，非东林党人，王在晋早年讨伐倭寇起家、长期担任军事要职兵部左侍郎王在晋也觉得这次熊廷弼太过意气用事，闹得很不像话，驳斥说：
